Skupina mikrotechnologie se zabývá návrhem, simulací a následnou výrobou součástek typu MEMS. Pro návrh a simulaci jsou užívány nejmodernější návrhové prostředky COVENTORware. Během výrobního procesu je prováděno mnoho technologických operací, mezi které patří především oxidace, difúze, litografie, suché a mokré leptání (jak izotropní tak i anizotropní), depozice tenkých vrstev (např. metodami CVD/PVD) atd.
Další oblastí, kterou se skupina zabývá, je návrh a výroba mikrofluidních zařízení, včetně jejich miniaturizace do laboratoře na čipu (Lab-on-Chip ). V těchto zařízeních jsou prováděny zejména separace různých molekul za použití magnetických nanočástic a kvantových teček.
Skupina mikrotechnologie je dále podpůrnou skupinou pro ostatní výzkumné skupiny, kterým pomáhá při realizaci dílčích specifických úkolů.
